เมื่อกิจการที่อยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่มได้ประกอบธุรกิจ VAT และ NON VAT ไม่สามารถที่จะแยกแยะได้ว่าภาษีซื้อที่เกิดขึ้นจากสินค้าหรือบริการนั้นเป็นภาษีซื้อของกิจการประเภทใดจึงต้อง “เฉลี่ยภาษีซื้อ” ตามสัดส่วนของธุรกิจที่นำภาษีมูลค่าเพิ่มไปใช้
1.การเฉลี่ยภาษีซื้อ ตามส่วนของรายได้ โดยการประมาณการสัดส่วนของรายได้ที่จะเกิดขึ้นทั้งปี แล้วทำการปันส่วนภาษีซื้อตามสัดส่วน เช่น ภาษีซื้อค่าซื้อทรัพย์สินส่วนกลาง เช่น เครื่องใช้สำนักงาน เครื่องตกแต่ง สำนักงาน หรือวัสดุสิ้นเปลือง เป็นต้น และภาษีซื้อค่าใช้จ่ายส่วนกลาง เช่น ค่าสาธารณูปโภค ค่าโฆษณา หรือค่าซ่อมแซม เป็นต้น
2.การเฉลี่ยภาษีซื้อ ตามพื้นที่การใช้อาคาร โดยการประมาณการสัดส่วนการใช้พื้นที่อาคารแล้วทำการปันส่วนภาษีซื้อตามสัดส่วน เช่น ภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคารเพื่อใช้ในกิจการ VAT และ NON VAT เป็นต้น
อย่างไรก็ตามทั้ง 2 วิธีข้างต้นเป็นการประมาณการสัดส่วนเพื่อ การเฉลี่ยภาษีซื้อ จึงมีโอกาสที่สัดส่วนที่เกิดขึ้นจริงจะแตกต่างจากที่ประมาณการ ซึ่งส่งผลให้กิจการต้องปรับปรุงภาษีซื้อและอาจทำให้กิจการต้องเสียภาษี เบี้ยปรับและเงินเพิ่มได้ด้วยเช่นกัน
ดังนั้น การเฉลี่ยภาษีซื้อ จึงมีโอกาสเกิดขึ้นได้กับทุกกิจการที่อยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม และมักจะสร้างปัญหาในทางปฏิบัติต่อกิจการอยู่เสมอ เนื่องจากหลักเกณฑ์ใน การเฉลี่ยภาษีซื้อ ค่อนข้างยุ่งยากซับซ้อน กิจการจึงต้องระมัดระวังไม่ให้เกิดข้อผิดพลาด เพราะอาจจะต้องรับผิดชอบเสียเบี้ยปรับและเงินเพิ่มได้ อีกประการหนึ่ง หากกิจการเกิดปัญหาในทางปฏิบัติจนหาทางออกไม่ได้ เจ้าหน้าที่สรรพากรในพื้นที่ที่กิจการตั้งอยู่น่าจะให้คำแนะนำ และข้อเสนอแนะแก่กิจการได้เป็นอย่างดี
(ก) รายได้ที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนนำเงินไปหาประโยชน์โดยการฝากธนาคาร ซื้อพันธบัตรหรือหลักทรัพย์ หรือซื้อตั๋วเงินของสถาบันการเงินอื่น แต่ทั้งนี้ไม่ใช้บังคับสำหรับการประกอบกิจการตามมาตรา 91/2(1)(2) และ (3) แห่งประมวลรัษฎากร –– รายได้ดอกเบี้ยเงินฝากธนาคาร
(ข) รายได้ดอกเบี้ยที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนมีการกู้ยืมเงินกันเองในระหว่างบริษัทในเครือเดียวกัน – รายได้เงินกู้ยืมบริษัทในเครือเดียวกัน
(ค) รายได้ดอกเบี้ยที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนซึ่งเป็นบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลมีระเบียบเกี่ยวกับเงินกองทุนสะสมพนักงานหรือทุนอื่นใดเพื่อพนักงาน และบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลได้นำเงินกองทุนนี้ออกให้พนักงานที่เป็นสมาชิกกู้ยืมเป็นสวัสดิการ – รายได้กองทุนเงินกู้ยืมสวัสดิการ
(ง) รายได้ที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนมีการประกอบกิจการประเภทที่ไม่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร”